Quy định hoàn thuế VAT cuối cùng đã ‘quy về một mối’
Theo đánh giá, Thông tư 99 đã cơ bản giải tỏa được các vướng mắc phát sinh sau một thời gian thực hiện Thông tư số150/2013/TT-BTC Theo đánh giá, Thông tư 99 đã cơ bản giải tỏa được các vướng mắc phát sinh sau một thời gian thực hiện Thông tư số150/2013/TT-BTC
Việc Bộ Tài chính ban hành Thông tư số 99/2016/TT-BTC ngày 29/6/2016 hướng dẫn về quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) đã khắc phục tình trạng phân tán, không tập trung các quy định về hoàn thuế.

Có nhiều cách tiếp cận với Thông tư số 99/2016/TT-BTC. Bài viết này đề cập tới 3 trong số nhiều thông tin mà cả người nộp thuế và cơ quan quản lý thuế đều quan tâm.

Có thể nộp hồ sơ hoàn thuế điện tử

Người nộp thuế được gửi hồ sơ hoàn thuế  điện tử hoặc nộp trực tiếp tại cơ quan thuế hoặc gửi qua đường bưu chính. Theo đó, ngoài các hình thức gửi hồ sơ hoàn thuế theo truyền thống, người nộp thuế còn được quyền gửi qua Cổng Thông tin điện tử (TTĐT) của Tổng cục Thuế.

Với việc lựa chọn phương thức hoàn thuế điện tử, Cổng TTĐT của Tổng cục Thuế sẽ tự động nhận hồ sơ, ghi nhận hồ sơ hoàn thuế đã gửi của người nộp thuế và gửi thông báo xác nhận nộp hồ sơ điện tử cho người nộp thuế, đồng gửi cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế. Thời điểm tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế là ngày ghi trên thông báo xác nhận.

Qua Cổng TTĐT của Tổng cục Thuế, trong thời hạn 6 ngày kể từ ngày tiếp nhận đủ hồ sơ theo quy định, người nộp thuế cũng sẽ nhận được thông báo kết quả kiểm tra xác định hồ sơ hoàn thuế đã đủ điều kiện hoàn.

Trong trường hợp hồ sơ hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau nếu chưa đủ thông tin người nộp thuế sẽ nhận được thông báo yêu cầu giải trình hoặc bổ sung thông tin tài liệu trong thời hạn 10 ngày kể từ khi có thông báo. Quá thời hạn sẽ phải chuyển sang diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau.

Trường hợp đủ điều kiện, người nộp thuế sẽ nhận được Quyết định hoàn thuế/ Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ Ngân sách Nhà nước qua Cổng TTĐT.

Việc chính thức triển khai hoàn thuế điện tử và công khai thông tin hoàn thuế trên Cổng TTĐT, Thông tư số 99/2016/TT-BTC đã tạo thêm một kênh phục vụ người nộp thuế. Qua đó sẽ góp phần giảm thời gian, chi phí cho việc hoàn thuế đang bức xúc hiện nay.

Cụ thể hóa quản lý rủi ro trong hoàn thuế

Vấn đề quản lý rủi ro trong hoàn thuế GTGT đã được quy định tại Luật sửa đổi, bổ sung một số Điều của Luật Quản lý thuế (2012). Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư số 204/2015/TT-BTC ngày 21/12/2015 quy định về áp dụng quản lý rủi ro trong quản lý thuế. Với việc ban hành Thông tư số 99/2016/TT-BTC việc áp dụng quản lý rủi ro trong hoàn thuế GTGT đã được cụ thể hóa thêm một bước.

Trước hết đó là việc xác định rõ phạm vi áp dụng quản lý rủi ro trong hoàn thuế GTGT đối với hoạt động phân loại hồ sơ giải quyết hoàn thuế thành các trường hợp hồ sơ hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau và hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau.

Cơ quan thuế sẽ thực hiện kiểm tra trước, hoàn thuế sau đối với hồ sơ đề nghị hoàn thuế thuộc đối tượng rủi ro cao. Đó là các trường hợp, qua kiểm tra, thanh tra phát hiện người nộp thuế mua hàng hóa, dịch vụ của người nộp thuế khác có hành vi trốn thuế, gian lận thuế.

Hay trường hợp, người nộp thuế có giao dịch thanh toán liên quan đến tổ chức, các nhân có giao dịch đáng ngờ theo danh sách cảnh báo của cơ quan chức năng hoặc qua kiểm tra, thanh tra thuế phát hiện người nộp thuế có chứng từ thanh toán qua ngân hàng có nội dung chưa đầy đủ, chưa đúng quy định.

Hoặc qua kiểm tra, thanh tra thuế phát hiện người nộp thuế có dấu hiệu trốn thuế, gian lận thuế theo quy định của pháp luật về thuế và có dấu hiệu tội phạm

Đồng thời, áp dụng quản lý rủi ro trong việc xây dựng kế hoạch kiểm tra, thanh tra sau hoàn thuế GTGT của cơ quan thuế. Về vấn đề này, Thông tư số 99/2016/TT-BTC quy định, thực hiện kiểm tra sau hoàn thuế trong thời hạn 1 năm, kể từ ngày có quyết định hoàn thuế đối với các trường hợp sau:

Cơ sở kinh doanh kê khai lỗ 2 năm liên tục liền kề trước năm có quyết định hoàn thuế hoặc có số lỗ vượt quá vốn chủ sở hữu tính đến năm liền kề trước năm có quyết định hoàn thuế. Số lỗ được xác định theo hồ sơ quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp; trường hợp có biên bản kết luận thanh tra, kiểm tra của cơ quan quản lý Nhà nước có thẩm quyền thì số lỗ được xác định theo kết luận thanh tra, kiểm tra.

Cơ sở kinh doanh được hoàn thuế từ hoạt động kinh doanh bất động sản; kinh doanh thương mại, dịch vụ. Trường hợp cơ sở sản xuất kinh doanh ngành nghề tổng hợp không tách riêng được số thuế được hoàn từ hoạt động kinh doanh bất động sản, thương mại, dịch vụ thì áp dụng kiểm tra sau hoàn trong thời hạn 1 năm, kể từ ngày có quyết định hoàn thuế đối với toàn bộ hoạt động kinh doanh của doanh nghiệp.

Cơ sở kinh doanh thay đổi trụ sở từ 2 lần trở lên trong vòng 12 tháng kể từ ngày có quyết định hoàn thuế trở về trước.

Cơ sở kinh doanh có sự thay đổi bất thường giữa doanh thu tính thuế và số thuế được hoàn trong giai đoạn 12 tháng, kể từ ngày có quyết định hoàn thuế trở về trước.

Đối với trường hợp không thuộc quy định trên, việc kiểm tra sau hoàn thuế được thực hiện theo nguyên tắc quản lý rủi ro trong thời hạn 10 năm, kể từ ngày có quyết định hoàn thuế.

Để có cơ sở đẩy mạnh triển khai áp dụng quản lý rủi ro trong hoàn thuế GTGT, Thông tư quy định rõ việc xây dựng cơ sở dữ liệu hoàn thuế GTGT và xác định đây là một cấu phần trong hệ thống dữ liệu quản lý thuế chung của ngành thuế, thuộc trách nhiệm của cơ quan thuế từ Trung ương đến địa phương.

Làm rõ trách nhiệm giải quyết hoàn thuế

Theo Thông tư này, cơ quan thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế có trách nhiệm tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế GTGT của người nộp thuế.

Cục Thuế có trách nhiệm giải quyết hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế, bao gồm: phân loại hồ sơ hoàn thuế; xác định số thuế GTGT được hoàn của người nộp thuế; xác định số tiền thuế nợ, tiền phạt, tiền chậm nộp phải bù trừ với số thuế GTGT được hoàn của người nộp thuế; đề xuất hoàn thuế; thẩm định hồ sơ hoàn thuế; ban hành quyết định hoàn thuế; thực hiện chi hoàn thuế cho người nộp thuế.

Riêng đối với Chi cục thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế trực thuộc các Cục Thuế Hà Nội, Hồ Chí Minh, Bình Dương, Đồng Nai được thực hiện các công việc sau: phân loại hồ sơ hoàn thuế; xác định số thuế GTGT được hoàn của người nộp thuế; xác định số tiền thuế nợ, tiền phạt, tiền chậm nộp phải bù trừ với số thuế GTGT được hoàn của người nộp thuế; đề xuất số tiền được hoàn thuế trước khi chuyển hồ sơ gửi Cục Thuế thực hiện thẩm định hồ sơ hoàn thuế; ban hành quyết định hoàn thuế; thực hiện chi hoàn thuế cho người nộp thuế.

Quy định trên làm rõ hơn trách nhiệm của Cục Thuế trong việc tiếp nhận và giải quyết hồ sơ hoàn thuế cho người nộp thuế bao gồm cả người nộp thuế do mình quản lý và người nộp thuế do Chi cục thuế trực thuộc quản lý trực tiếp.

Đồng thời, phân cấp cho các Chi cục thuế thuộc Hà Nội, Hồ Chí Minh, Bình Dương và Đồng Nai thực hiện một số công việc liên quan đến phân loại hồ sơ hoàn thuế, xác định số thuế được hoàn của người nộp thuế, đề xuất số tiền được hoàn trước khi chuyển hồ sơ cho Cục thuế thẩm định hồ sơ, ban hành quyết định hoãn thuế, thực hiện cho chi hoàn thuế cho người nộp thuế.

Quản lý kinh phí hoàn thuế là một nội dung được sửa đổi, bổ sung nhiều tại Thông tư số 99/2016/TT-BTC nhằm khắc phục vướng mắc quy định tại Thông tư 150/2013/TT-BTC trước đây. Theo đó, kinh phí hoàn thuế được bố trí trong dự toán ngân sách hàng năm do Quốc hội quyết định.

Dự toán hoàn thuế GTGT do Tổng cục Trưởng Tổng cục Thuế quản lý và điều hành chi hoàn thuế GTGT, Cục trưởng Cục Thuế quản lý, sử dụng kinh phí hoàn thuế GTGT để chi hoàn cho người nộp thuế theo thẩm quyền và chịu trách nhiệm về việc ra quyết định hoàn thuế theo quy định của pháp luật.

Các quy định trên thay thế toàn bộ cơ chế Tổng cục Thuế phân bổ, thông báo hạn mức sử dụng Quỹ hoàn thuế năm cho từng Cục Thuế thực hiện theo quy định tại Thông tư số 150/2013/TT-BTC.

Ngoài ra, Thông tư còn có một số nội dung được hoàn thiện và nâng tầm pháp lý từ các văn bản hướng dẫn của Bộ Tài chính và của Tổng cục Thuế như hướng dẫn về việc hồ sơ đề nghị hoàn thuế của chi nhánh, đơn vị phụ thuộc của người nộp thuế; việc thẩm định hồ sơ hoàn thuế và việc xác định số thuế GTGT được hoàn cho người nộp thuế; trách nhiệm giám sát hoàn thuế trên từng hồ sơ hoàn thuế; việc hạch toán thu hồi tiền hoàn thuế GTGT, quyết toán nguồn kinh phí hoàn thuế GTGT.

Một điểm đáng chú ý nữa đó là quy định về việc bù trừ giữa số tiền thuế được hoàn với số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt mà người nộp thuế còn nợ ngân sách Nhà nước. Theo đó, kết quả giải quyết hoàn thuế GTGT nếu đủ điều kiện hoàn thuế theo quy định của pháp luật được thể hiện qua hai hình thức, đó là Quyết định hoàn thuế hoặc quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách Nhà nước.

Mặc dù còn phải có thêm thời gian để kiểm chứng song Thông tư đã cơ bản giải tỏa được các vướng mắc phát sinh sau một thời gian thực hiện Thông tư số150/2013/TT-BTC và ghi nhận những nỗ lực của cơ quan thuế trong việc cải cách thủ tục hành chính thuế.

Đây cũng là một tín hiệu vui trong việc giúp người nộp thuế giảm thời gian, chi phí trong việc hoàn thuế GTGT, xây dựng một ngành thuế Minh bạch – Chuyên nghiệp – Liêm chính - Đổi mới.

Nguyễn Trọng Nghĩa - Nguyên Vụ trưởng Vụ Pháp chế, Bộ Tài chính
Nguồn: Cổng Thông tin điện tử Chính phủ