Một nội dung quan trọng trong lần sửa đổi Luật này chính là quy định rõ bản chất của HTX nhằm phân biệt HTX với các loại hình doanh nghiệp khác. Xung quanh vấn đề này còn có hai luồng ý kiến khác nhau. Cụ thể, loại ý kiến thứ nhất cho rằng, HTX hoạt động như một loại hình doanh nghiệp, do các thành viên góp vốn, tiến hành sản xuất, kinh doanh để tìm kiếm lợi nhuận như quy định tại Luật Hợp tác xã năm 2003; không cần phải quy định về giới hạn góp vốn điều lệ tối đa đối với thành viên, không ràng buộc về giao dịch kinh tế giữa HTX và thành viên, không bắt buộc xã viên phải sử dụng dịch vụ của HTX, không hạn chế việc HTX cung ứng sản phẩm, dịch vụ ra bên ngoài cộng đồng thành viên và không cần có tài sản không chia. Nếu tiếp cận ở góc độ này, thì có thể thấy rằng HTX thực chất chỉ là loại hình công ty. Theo đó, chỉ cần bổ sung trong Luật Doanh nghiệp một nội dung mới là, thành viên thỏa thuận về quyền biểu quyết phụ thuộc vào mức vốn góp hoặc mỗi người có một phiếu bầu ngang nhau không phụ thuộc mức vốn góp, là đủ để HTX hoạt động và không cần thiết phải có Luật HTX riêng.

Loại ý kiến thứ hai với đa số cho rằng, HTX có bản chất khác với doanh nghiệåp. Doanh nghiệp hoạt động theo Luật Doanh nghiệp cung ứng sản phẩm, dịch vụ cho thị trường nhằm mục tiêu tối đa hóa lợi nhuận cho doanh nghiệp và vốn góp của chủ sở hữu. Chủ sở hữu có quyền biểu quyết theo mức vốn (đối vốn) và không có ràng buộc về việc phải sử dụng sản phẩm, dịch vụ của doanh nghiệp. Ngược lại, HTX là tổ chức kinh tế tự chủ do thành viên tự nguyệån lập ra nhằm mục tiêu tối đa hóa lợi ích cho từng thành viên  trên cơ sở hợp tác và giúp đỡ lẫn nhau giữa các thành viên trong việc đáp ứng nhu cầu chung của thành viên về sản phẩm, dịch vụ, hoặc việc làm, nâng cao thu nhập cho thành viên một cách hiệu quả hơn so với việc để từng thành viên đơn lẻ thì không thực hiện được hoặc thực hiện kém hiệu quả. Thứ trưởng Bộ Kế hoạch - Đầu tư Đặng Huy Đông cho rằng, HTX là một pháp nhân trong giao dịch kinh tế - cung cấp các dịch vụ đầu vào với chất lượng tốt hơn cho các thành viên - phân chia lợi ích có phần thặng dư trong việc mua các sản phẩm đầu vào. Vai trò của HTX thể hiện rõ hơn trong câu chuyện được mùa mất giá - có phương tiện vận chuyển hàng hóa chung nhau trong chi phí vận tải tiếp cận thị trường rộng hơn, giá cả cũng cao hơn – sản phẩm đầu ra được nâng lên; đặc biệt qua HTX chính sách hỗ trợ đến gần với bà con hơn.

Ở góc độ pháp lý, Vụ trưởng Vụ Pháp luật Kinh tế, Bộ Tư pháp Dương Đăng Huệ nhận xét, điều đáng ghi nhận đầu tiên đối với dự thảo này là chúng ta ngày càng tiếp cận gần đến bản chất của HTX bằng việc phân biệt HTX với doanh nghiệp. Xét về mặt lập pháp có thể thấy, Nhà nước đã không thừa nhận HTX là một doanh nghiệp qua hai luật điều chỉnh riêng (Luật HTX và Luật Doanh nghiệp); hơn nữa Luật Phá sản đã quy định đối tượng của luật này là doanh nghiệp và HTX.

Thực tế, giữa doanh nghiệp và HTX có 5 điểm khác biệt cơ bản: đối tượng phục vụ; tư cách pháp lý của người tham gia; mục đích thành lập; cơ chế quản lý; phương thức phân phối thu nhập. Chẳng hạn, tư cách pháp lý của người tham gia trong doanh nghiệp là nhà đầu tư; trong khi đó HTX là xã viên, vừa là người góp vốn, nhà đầu tư và là khách hàng. Hay, trong phương thức phân phối thu nhập: chủ yếu dựa vào mức độ góp vốn; HTX mức độ sử dụng sản phẩm và dịch vụ. Phó chủ nhiệm Ủy ban Kinh tế Mai Xuân Hùng cho rằng, hiểu sai bản chất của HTX chính là hiểu sai về dự thảo Luật HTX sửa đổi; đồng thời cần phải đặt câu hỏi HTX trong dự thảo này có đáp ứng được nhu cầu hội nhập (tự nguyện, tự chủ, bình đẳng, tương trợ…). Từ cách đặt vấn đề này, việc làm rõ bản chất của HTX với tư cách là đối nhân khác với đối vốn trong doanh nghiệp để từ đó quy định cụ thể các vấn đề liên quan là hợp lý.

Xung quanh câu chuyện cần quy định rõ bản chất của HTX lại liên quan đến vấn đề quản lý nhà nước khi hiện nay, có tới 32% số HTX hoạt động (chủ yếu trong lũnh vực công nghiệp) với thành viên góp vốn và không sử dụng sản phẩm, dịch vụ ra thị trường, chia  lãi theo hình thức góp vốn. Hay nói cách khác, loại hình HTX này mang bản chất doanh nghiệp – không đúng bản chất của HTX. Có không ít người lo lắng khi dự thảo Luật được thông qua, số lượng HTX sẽ giảm đi; mục tiêu thành lập mới HTX hàng năm khó đạt được. Tuy nhiên, đây là một lo lắng “không có thực”. Vì rằng việc thành lập HTX nhưng thực chất là doanh nghiệp suy cho cùng cũng là vì mục tiêu để trốn thuế, hưởng các chính sách hỗ trợ của Nhà nước dành cho HTX mà thôi.

Nếu dự thảo Luật được thông qua, đi vào cuộc sống chắc chắn sẽ góp phần lành mạnh hóa nền kinh tế với việc gọi tên chính xác các loại hình kinh tế, từ đó góp phần hoạch định, xây dựng, áp dụng chính sách hợp lý. Thứ trưởng Đặng Huy Đông khẳng định, thành lập để hưởng nguồn tài chính hỗ trợ của Nhà nước thì không phải là bản chất của HTX; cần phải hiểu rằng, HTX là việc tập hợp những người có ý chí, có quyết tâm và Nhà nước chỉ là chất xúc tác.